每一部電影上映後，都會有正面與反面的兩種評價，駭客任務三自然也不例外。作為一部續集電影，原則上就難逃前集內容的窠臼，況且這又是同一件事情的下半部（第二、三集為二十四小時內發生的事），某些程度上的「了無新意」是必然的。但也並非如此全面的糟糕，電影的感想好壞端看你用什麼角度出發去欣賞，依照各種的角度來看，就會得到許多不同的體認。單就哲學的意念來說，駭客任務三還是讓人有著一定程度的驚豔。（以下有劇情，未看過電影的人請先考慮再閱讀）
駭客任務系列從第一集開始的deja vu（心理學上似曾相似的感覺）就不斷探討人類存在的哲學意義，第二集裡逃脫母體控制、自我複製的史密斯，以及 architect（造物者）的角色更是直接觸及到上帝存在的宗教意念。來到第三集，重點則是落在「選擇」，以及「凡事有開始，便會有結束。」這句話上，從人生的觀點來看，這何嘗不是編劇想要闡述「人生就要大膽做選擇，勇敢開創才有未來」的鼓勵嗎？
也許很多人對於最後Smith被Neo給解決的劇情覺得不解，個人是覺得這得呼應到「有開始就有結束」，其實Neo與Smith都是程式，兩隻造物者為了數學方程式的極端平衡而彼此相互存在的程式，也可以說是bug，一個主體程式中無法避免的bug，因此母體無法自我將他們找到並刪除，而一旦Neo被Smith複製同化消失，為了方程式的平衡Smith也就沒有存在的必要，自然就被母體給刪除了。這一段是整個駭客系列故事的軸心，也是個句點。然而與其說Neo戰勝了Smith（或同歸於盡），倒不如說是祭司與造物主之間的鬥法結果是祭司更勝一籌。最後機械軍團應Neo要求暫緩攻擊錫安城，而Neo也已昇華消失，劇尾黑貓的deja vu再度出現，陽光普照，更映證了第二集裡造物者提到的「Neo是第六版的救世主」，救世主本身就是一個迴圈程式，不定時地在人類與機械世界之間啟動執行輪迴著……。說起來，這些想法真的是很妙，著實融合了當今的電腦科技與哲學觀點來發揮，相當難得。
除了劇情，本片的配樂音效也是一絕，隨著劇情的發展，配樂所佔的角色份量不亞於特效畫面，尤其是防衛錫安城的那一段，雖然有人說那一段就像是在看一堆不會飛的鋼彈在打飛靶。不過在武打動作以及特效上似乎已經變不出更多的花樣了，最後的那場兩人決鬥更是有點讓人啼笑皆非，宛如漫畫七龍珠裡的達爾跟孫悟空的大對決，兩方怎麼打都打不死，就差在Neo沒有發出龜派氣功而已。